真言以长短来分，一位本尊便有大咒、中咒和小咒三种真言。大咒又称为根本陀罗尼、根本咒与大心咒，是将诸尊当地内证、本誓、功德作详细宣说的陀罗尼；中咒又称为心真言、心秘密咒、心咒，是本尊内证秘密的精要，也就是根本陀罗尼的心要真言；小咒又称为随心真言、心中心咒，是本尊根本陀罗尼核心。此外还有一字咒的说法，指的是将本尊的种子字作为真言持诵，或者在种子字之前加上归命词句而成的真言。
真言以内容和意义来分，也可以分为三种。第一种是完全由无意义的语言所组成的真言，有些是本来的意义早已消失，有些则是从一开始就没有任何意义；第二种是混合无意义和有意义的语言所组成的真言；第三种是由有意义的语言所组成的真言。由无意义的语言所组成的真言主要见于杂密经典，大部分是祛除疾病与障难等的咒文。
另外，真言以密语者的类别来分，可如来说、菩萨金刚说、二乘说、诸天说、地居天说五种，前三种为圣者真言，后两种为诸神真言；以密教三大部分来分，可分为佛部、莲华部、金刚部三部真言；以修法性质来分，可分为息灾法、增益法、敬爱法、调伏法四种真言。
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